Los Consejos Mundiales son grupos de trabajo creados por el Consejo de Administración para reflexionar sobre determinadas temáticas. A cada uno de ellos se le encomienda una misión específica por un periodo de tiempo determinado. Los Consejos Mundiales hacen propuestas a los órganos de decisión del movimiento (Consejo de Administración, Asamblea General y Comité Ejecutivo).

Cada Consejo Mundial está compuesto por:
> 4 miembros elegidos por la región Europa
> 2 miembros elegidos por cada una de las otras tres regiones (África, América y Asia)
> 1 miembro del Consejo de Administración
> 1 miembro del Comité Ejecutivo
> 1 miembro de la SIE
Además, los Consejos Mundiales pueden recurrir a expertos profesionales ajenos al movimiento Emaús.

Los dos Consejos Mundiales actuales, creados por el Consejo de Administración en 2004, son los siguientes:
- Consejo Mundial de Acción Política y Solidaridad Internacional (CMAPSI)
- Consejo Mundial de Formación y Nuevas Generaciones (CMFNG)